El CATIE está gobernado por tres órganos superiores:
1. Junta Interamericana de Agricultura (JIA)
Es el órgano supremo del CATIE. Está integrado por 34 países miembros, que se reúnen de forma ordinaria cada dos años.
2. Consejo Superior de Ministros
Está integrado por un ministro de cada uno de los países miembros del CATIE –vinculado con el sector agrícola y/o los recursos naturales–, el Director General del Instituto Interamericano de Cooperación para la Agricultura (IICA) y un representante de la JIA. Es presidido por el Ministro de Agricultura y Ganadería de Costa Rica y el Director General del IICA funge como vicepresidente.
Los países miembros regulares del CATIE son: Belice, Bolivia, Colombia, Costa Rica, El Salvador, Guatemala, Honduras, México, Nicaragua, Panamá, Paraguay, República Dominicana y Venezuela.
3. Junta Directiva
Está conformada por 13 miembros, que prestan sus servicios ad honorem y se reúnen al menos una vez al año. Cada miembro es seleccionado cuidadosamente y participa en esta a título personal. Entre ellos figuran cuatro miembros permanentes: el Ministro de Agricultura y Ganadería de Costa Rica o su representante, el Director General del IICA o su representante, un representante de la JIA y un representante del Consejo Superior, así como cuatro directores en representación de países miembros del CATIE y cinco directores en representación de la comunidad internacional.
Sus directrices son implementadas por Muhammad Ibrahim, director general del CATIE, quien es –además– el Secretario Ex officio de la Junta Directiva. En esta misión le apoyan el Subdirector General y las Direcciones de Investigación para el Desarrollo Verde Inclusivo, Educación, Proyección Externa y Alianzas Globales, así como Finanzas y Servicios Corporativos.
Miembros de la Junta Directiva
Miembros del Consejo Superior de Ministros
- Víctor Carvajal Porras, Ministerio de Agricultura y Ganadería
- Jose Abelardo Mai, Belice, Ministerio de Alimentación, Agricultura y Migración
- Remmy Gonzáles, Bolivia, Ministerio de Desarrollo Rural y Tierras
- Muhammad Ibrahim, CATIE, Secretario Ex-officio del Consejo Superior
- Adrian Thomas, Granada, Representante de la Junta Interamericana de Agricultura (JIA)
- Óscar Enrique Guardado, El Salvador, Ministerio de Agricultura y Ganadería
- Edgar René De León Moreno, Guatemala, Ministerio de Agricultura, Ganadería y Alimentación
- Laura Suazo, Honduras, Secretaría de Agricultura y Ganadería
- Manuel Otero, Director General, Instituto Interamericano de Cooperación para la Agricultura (IICA)
- Lloyd Day, representante del Instituto Interamericano de Cooperación para la Agricultura (IICA)
- Víctor Manuel Villalobos Arámbula, México, Secretaría de Agricultura y Desarrollo Rural (AGRICULTURA)
- Isidro Antonio Rivera, Nicaragua, Ministerio Agropecuario y Forestal
- Augusto Vaderrama, Panamá, Ministerio de Desarrollo Agropecuario
- César Ariel Oviedo Verdún, Paraguay, Secretaría de Ambiente
- Limber Cruz López, República Dominicana, Ministerio de Agricultura
- Wilmar Castro Soteldo, Venezuela, Ministerio del Poder Popular para la Agricultura y Tierras